公司原名江西昌九化工股份有限公司，于1999年1月15日成立， 1999年1月19日公司股票在上海证券交易所挂牌交易。目前，公司总股本为241,320,000股，其中，江西昌九化工集团有限公司持有国有法人股98,194,800股，占总股本的40.69%，为江西昌九生物化工股份有限公司的控股股东。
公司原是以化肥产品为主的生产企业，上市后，公司坚持以市场为导向，以技术进步和科技创新为动力，在原来以化肥产品为主导的基础上，加大对环保、生物化工和精细化工的投入，逐步形成了肥化并举、生化优先的多元化发展格局。经过几年的发展，江西昌九生物化工股份有限公司已成为江西省集科研、设计、生产、销售于一体的综合性化工企业，目前公司本部设管理总部，下辖江氨分公司、赣北分公司以及江西昌九农科化工有限公司、江西昌九青苑热电有限责任公司、江西昌九昌昱化工有限公司、江西昌九金桥化工有限公司、江西昌九康平气体有限公司等多家控股及参股公司。
主要产品有：合成氨、尿素、甲醇、丙烯酰胺、双氧水、白炭黑、液体二氧化碳、塑料管材、聚丙烯酰胺、无水哌嗪、氢气、氮气、氧气等。其中，尿素为全国首批国家免检化肥产品；甲醇为江西省名牌产品；丙烯酰胺生产采用先进的微生物法工艺，产品质量达到国际领先水平。2003年1月，公司通过了ISO9001:2000国际质量体系认证。
公司注册地和办公地址同为江西省南昌市青山湖区尤氨路，分公司和子公司主要分布在南昌、九江等地，基础设施完善，交通通讯便利。公司现有员工1294人。截止2010年末，公司总资产为9.42亿元，净资产为1.96亿元，年销售收入9.23亿元。
| 公司安全生产许可证换发新证书 |
近日，公司顺利通过安全生产许可证换证审核，江西省安全生产监督管理局向公司发放了新的安全生产许可证。本次发证有效期为2009年6月18日至2012年6月17日。
此前，公司下属的江氨分公司，以及昌九农科、昌九昌昱、昌九康平、昌九金桥等子公司，均已换发新证。
