在环境和职业健康安全管理体系的标准中要求组织在贯彻实施标准时，应制订管理方案和实施运行控制。目前对管理方案和运行控制有各种各样的理解。有人说管理方案是实现改进目标和指标且具有时间限型的控制方法，运行控制是实现保持型目标和指标，可以长期实施控制方法；也有人说管理方案是针对重要环境因素的，而运行控制是针对一般环境因素的。
其实，管理方案和运行控制是两个不同层次的问题。管理方案是属于目标和指标管理层次的问题，而运行控制是环境因素控制层次的问题，两者不应混淆。在GB/T24001-2004的4.3.3中，将目标、指标和方案合并到一起，更说明了方案与目标和指标的直接关系。在4.4.3条文描述中“组织应制定、实施并保持一个或多个用于实现其目标和指标的方案，……”，没有说方案是用于重要环境因素的意思。指南A3.3也说：“制定并实施一个或多个方案，对于环境管理体系的成功实施非常重要。方案应当说明如何实现组织的环境目标和指标……”，并没有说在不能实现对该重要环境因素控制要求的目标和指标时，需要制定目标、指标和方案进行管理控制。而恰恰相反，4.4.6运行控制中指出“组织应根据其方针、目标和指标，识别和策划与所确定的重要环境因素相关的运行，以确保……在规定的条件下进行”。
管理方案包括规定组织内各有关职能和层次实现目标和指标的职责以及实现目标和指标的方法和时间表。而运行控制包括控制重要环境因素的程序、运行准则以及将程序和要求通报给供方及合同方。管理方案是属于策划（Plan）层次，而运行控制属于实施（Do）层次。在术语和定义3.9对环境目标的定义为：“组织依据其环境方针规定的自己所实现的总体环境目的。”目标带有可追求性和挑战性，实现目标方案只需要明确职责、方法和进度，并没有要求制定程序。而重要环境因素的运行控制不仅应当规定控制程序，还应包括运行准则和与供方和合同方的信息沟通。
按标准规定，组织对所有目标和指标制定管理方案，对全部重要环境因素制定运行程序；但是不能要求组织对重要环境因素制定管理方案。管理方案没有运行控制那么细。例如，一个钢铁企业的环境目标之一是提高废水的达标率，指标是从80%提高到95%。管理方案是改造废水处理设备，提高处理能力和效率。职责是由设备部门负责，提出改造方案，并于2006年3月份完成，从管理方案上实现目标和指标要求；而关于废水这一重要环境因素的处理运行内容是，对焦化废水、高炉煤气洗涤水、转炉烟尘洗涤水、连铸冷却废水、轨钢废水、净化水处理设施排污水、煤气水封和生活废水等不处理过程的控制、设备的使用和维护、水质的监测以及事故的处理等，从运行控制上实现目标和指标的要求。正如指南A4.6所说“本部分是关于在日常运行中贯彻管理体系要求的规定”。
如果按这种思路去理解管理方案和运行控制的话，那么就不应理解为“管理方案是实现改进型目标和指标且具有时限性的控制方法，运行控制是实现保持型目标和指标，可以长期实施的控制方法”；也不应理解为“对重要环境因素用管理方案进行控制，而一般环境因素按运行程序进行控制”。管理方案和运行控制是不同层次的问题，其作用、对像、内容、要求是不同的。 