自治区环境保护局的主要职责是：
(一)贯彻执行国家环境保护的方针、政策和法律、法规；拟定并监督执行全区环境保护的地方性政策、法规和规章，依法行使行政处罚权；受自治区人民政府委托对重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响评价；拟定并组织实施全区环境保护规划；组织拟定并监督实施全区重点区域、重点流域的污染防治和生态保护规划；组织编制环境功能区划。
(二)组织开展全区大气、水体、土壤、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车等的污染防治工作。
(三)监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；监督检查各种类型自然保护区、风景名胜区和森林公园环境保护工作；监督检查生物多样性保护、野生动植物保护、湿地环境保护、水土流失和荒漠化防治工作；向自治区人民政府提出新建各类省级自然保护区审批建议；宏观指导和监督管理全区自然保护区。
(四)指导和协调解决各地?市 、各部门以及跨地区、跨流域的重大环境问题；调查处理重大环境污染事故和生态破坏事件；协调地区间的环境污染纠纷；负责环境监理和环境保护行政稽查；组织开展全区环境保护执法检查活动。
(五)组织制定地方污染物排放标准并按自治区规定的程序发布；组织编报自治区环境质量报告书；发布自治区环境状况公报；参与编制自治区可持续发展规划。
(六)监督执行各项环境管理制度；负责污染治理和生态建设工程项目审核；审定开发建设活动环境影响报告书；指导城乡环境整治；指导农牧区生态环境保护；指导自治区生态示范区建设和生态农业建设。
(七)组织环境保护科技发展、科学研究和技术示范工程；指导环境保护产业发展。
(八)负责环境监测、统计、信息工作；监督执行环境监测制度和规范；组织建设和管理自治区环境监测网和环境信息网；组织对全区环境质量监测和污染源监督性监测；组织、指导和协调全区环境保护宣传教育工作。
(九)受自治区人民政府和国家环境保护总局委托处理自治区涉外环境保护事务。
(十)监督管理全区电磁辐射、放射性矿产资源开发利用中的污染防治；参与辐射环境事故应急工作。
根据上述主要职责，自治区环境保护局下设办公室、规划财务政策法规处、监督管理与污染控制处、自然生态保护处４个职能处?室 及自治区环境监测中心站和自治区环境监理所２个事业单位。负责拟定全区环保规划、监督法规的执行情况，为社会提供环保咨询，协调全区重大环境污染纠纷等事务。
《西藏日报》 (2000年11月24日第七版)
(一)贯彻执行国家环境保护的方针、政策和法律、法规；拟定并监督执行全区环境保护的地方性政策、法规和规章，依法行使行政处罚权；受自治区人民政府委托对重大经济和技术政策、发展规划以及重大经济开发计划进行环境影响评价；拟定并组织实施全区环境保护规划；组织拟定并监督实施全区重点区域、重点流域的污染防治和生态保护规划；组织编制环境功能区划。
(二)组织开展全区大气、水体、土壤、噪声、固体废物、有毒化学品以及机动车等的污染防治工作。
(三)监督对生态环境有影响的自然资源开发利用活动、重要生态环境建设和生态破坏恢复工作；监督检查各种类型自然保护区、风景名胜区和森林公园环境保护工作；监督检查生物多样性保护、野生动植物保护、湿地环境保护、水土流失和荒漠化防治工作；向自治区人民政府提出新建各类省级自然保护区审批建议；宏观指导和监督管理全区自然保护区。
(四)指导和协调解决各地?市 、各部门以及跨地区、跨流域的重大环境问题；调查处理重大环境污染事故和生态破坏事件；协调地区间的环境污染纠纷；负责环境监理和环境保护行政稽查；组织开展全区环境保护执法检查活动。
(五)组织制定地方污染物排放标准并按自治区规定的程序发布；组织编报自治区环境质量报告书；发布自治区环境状况公报；参与编制自治区可持续发展规划。
(六)监督执行各项环境管理制度；负责污染治理和生态建设工程项目审核；审定开发建设活动环境影响报告书；指导城乡环境整治；指导农牧区生态环境保护；指导自治区生态示范区建设和生态农业建设。
(七)组织环境保护科技发展、科学研究和技术示范工程；指导环境保护产业发展。
(八)负责环境监测、统计、信息工作；监督执行环境监测制度和规范；组织建设和管理自治区环境监测网和环境信息网；组织对全区环境质量监测和污染源监督性监测；组织、指导和协调全区环境保护宣传教育工作。
(九)受自治区人民政府和国家环境保护总局委托处理自治区涉外环境保护事务。
(十)监督管理全区电磁辐射、放射性矿产资源开发利用中的污染防治；参与辐射环境事故应急工作。
根据上述主要职责，自治区环境保护局下设办公室、规划财务政策法规处、监督管理与污染控制处、自然生态保护处４个职能处?室 及自治区环境监测中心站和自治区环境监理所２个事业单位。负责拟定全区环保规划、监督法规的执行情况，为社会提供环保咨询，协调全区重大环境污染纠纷等事务。
《西藏日报》 (2000年11月24日第七版)